Hayes được Tổng giám mục Michael Corrigan truyền chức linh mục vào ngày 8 tháng 9 năm 1892.[1] Sau đó, ông được gửi đi học thêm tại Đại học Công giáo Hoa Kỳ ở Washington, D.C. và nhận bằng Cử nhân Thần học Thánh vào năm 1894.[3]

Khi trở về Thành phố New York, Hayes được bổ nhiệm làm linh mục phó xứ tại Nhà thờ Thánh Gabriel ở Lower East Side, lúc đó linh mục chính xứ là John Murphy Farley (người sau này mà ông sẽ kế nhiệm chức Tổng giám mục New York).[5] Sau khi Farley được phong chức giám mục, Hayes làm thư ký riêng của ông từ năm 1895 đến năm 1903, sau đó ông được bổ nhiệm làm chưởng ấn của Tổng giáo phận và Giám đốc Tiểu chủng viện. Ông được phong Giáo sĩ Danh dự của Giáo hoàng vào ngày 15 tháng 10 năm 1907.[1]